显示屏与扬声器
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iPhone SE（第二代）拥有4.7英寸视网膜高清显示屏，採用IPS技術，具備326ppi的解析度，支援625尼特的最大亮度，並支持原彩显示及广色域显示（P3）。相较于外形相似并支持三维触控的iPhone 8，iPhone SE（第二代）并不支持三维触控，其只能使用触感触控进行快速操作。其支持杜比视界（英语：Dolby Vision）和HDR10播放，与iPhone 11系列类似，iPhone SE（第二代）也同样拥有双立体声扬声器，但其并不支持iPhone 11系列中支持的杜比全景声[1]。
Touch ID
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相较于iPhone 11系列产品的全面屏设计并采用Face ID解锁，iPhone SE（第二代）采用类似iPhone 8系列的非全面屏设计，其拥有主屏幕按钮，支持Touch ID功能[1]。受到2019冠状病毒病疫情的影响，用户带上口罩使Face ID失效的情况时有发生[13]。有媒体认为，iPhone SE（第二代）的Touch ID设计为其在2019冠状病毒病疫情下的最大亮点和优势[14]。
電力與连接
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iPhone SE（第二代）的電池续航时间与iPhone 8大致相同[15]；并也支持使用通过了Qi认证的充电器的无线充电功能，支持通过闪电接口的最高达18W的快速充电，但机器只附带5W的电源适配器，18W电源适配器需额外购买[16]。iPhone SE（第二代）拥有与iPhone 11类似的连接功能，支持蓝牙 5.0，2x2 MIMO Wi-Fi 6（IEEE 802.11ax）和2x2 MIMO LAA（英语：LTE_in_unlicensed_spectrum#License_Assisted_Access_(LAA)） 千兆级 LTE，以及支援將兩副AirPods或Beats耳機與同一部iPhone SE（第二代）的音訊共享功能。但缺少了iPhone 11系列中新增的用于空间感知的超宽频芯片U1，以及iPhone 11 Pro系列中的4x4 MIMO LTE功能[17]。在北美地区发售的A2275型号和在其他国家和地区发售的A2296型号带有eSIM功能，支持eSIM+实体SIM的双SIM卡，在中国大陆发售的A2298型号无eSIM功能[1][18]。
鏡頭
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iPhone SE（第二代）配备了1200万像素ƒ/1.8光圈后置广角摄像头和700万像素ƒ/2.2光圈前置摄像头。后置摄像头支持光学图像稳定功能，前置摄像头相比iPhone 8系列，新增了在1080P和720P下的影院级视频防抖功能。iPhone SE（第二代）相比iPhone 8系列，支持了立体声录音功能，以及前后摄像头的人像模式及人像光效功能；其人像光效功能支持六种效果（自然光、攝影棚燈光、輪廓光、舞台燈光、舞台燈光黑白、高色調燈光黑白）。其并不支持iPhone 11系列中新增的夜间模式拍照功能。后置摄像头支持4K最高60fps的视频拍摄，支持扩展动态范围拍摄，相比于iPhone 11系列的60fps，iPhone SE（第二代）的扩展的动态范围只适用于最高达30fps的视频拍摄。前置摄像头支持1080P最高30fps的视频拍摄，不支持iPhone 11系列中新增的前摄像头慢动作视频拍摄功能。支持在iPhone 11系列中新增的视频快录功能[1][19]。
Apple Pay
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iPhone SE（第二代）依然支持近場通訊（NFC）功能，并支持通过Apple Pay交易及支付交通费用。相较于iPhone 8系列及更早的产品，第二代iPhone SE支持了电量耗尽后仍然可通过备用电量使用快捷交通卡的功能；此功能可让用户在手机电量低至自动关机后的最多 5 小时内，仍能继续使用iPhone搭乘大眾交通工具[20]。